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原創文章 引用請註明出處 #RNAseq #QC #3小學堂 || 3分鐘速解RNAseq分析,本周介紹RNAseq序列品質控管 || 相信大家都聽過 Garbage in, garbage out 這句話,要有好的分析報告首要就是要有好的數據,那在 RNAseq 分析之前會做那些分析確認序列品質,就讓小編來一一介紹囉~! || 不要盡信 Fastqc 結果!要...
原創文章 引用請註明出處 #RNAseq #標準化 #雲平台 #3小學堂 || 3分鐘速解RNAseq分析,本周介紹Read count 標準化方法 || 小編偷偷問一個問題喔~ 你知道圖爾思 RNAseq 報告有3種標準化的表格,分別是: FPKM、TPM、RLE/TMM 。 看到這,是不是被這群不知是誰的標準化方法搞混了呢?又為什麼RLE後面還有接一...
原創文章 引用請註明出處 #RNAseq #WGCNA #雲平台 #3小學堂 || 3分鐘速解RNAseq分析,本周介紹WGCNA性狀關聯分析 || 上篇介紹了 WGCNA 的基本概念,你非常有興趣並興致勃勃的準備了15 個以上的樣品,卻發現報告中 WGCNA 分析的結果比別人還少,這是怎麼一回事? 小編說,本篇介紹的 WGCNA 分析內容...
原創文章 引用請註明出處 #RNAseq #WGCNA #雲平台 #3小學堂 || 3分鐘速解RNAseq分析,本周介紹WGCNA || 做完了 DEG 和 GSEA 等兩兩組別比較的分析,你是不是想說有沒有一個分析方法可以同時看你的所有處理組別 RNA 表現的差異? 如果你有 15 個以上的樣品,那恭喜獲得 WGCNA 的分析囉~~ WGCNA 會把數萬...
原創文章 引用請註明出處 #RNAseq #PPI #雲平台 #3小學堂 || 3分鐘速解RNAseq分析,本周介紹PPI分析 || 這篩選差異基因,跟蛋白質有啥關係呢? 為什麼要在RNAseq分析中提到蛋白質交互作用分析(Protein Protein Interaction, PPI) 呢? 聰明如你,腦中迅速閃過整個生物途徑,從基因到蛋白質在到代謝物,蛋白...
原創文章 引用請註明出處 #RNAseq #富集 #雲平台 #3小學堂 || 3分鐘速解RNAseq分析,本周介紹基因富集分析 || 具有研究熱忱又認真的你開始整理所有找到的差異基因註釋,看看這些基因都是跟那些功能相關以及可能參與生化途徑,終於完成了精美的統計表格,老闆微笑看著你說,改變看看DEG篩選門檻吧!或許可以...
原創文章 引用請註明出處 #RNAseq #GSEA #雲平台 #3小學堂 || 3分鐘速解RNAseq分析,本周介紹GSEA分析 || 上篇提要,在利用DEG篩選出差異基因後,為了更了解這些基因與pathway和疾病間有哪些相關,因此進行"基因富集分析",使用的資料庫為KEGG、DO、GO。 你充滿自信的走進老闆辦公室,在老闆面...
原創文章 引用請註明出處 #RNAseq #KEGG #DO #GO #雲平台 #3小學堂 || 3分鐘速解RNAseq分析,本周介紹基因功能資料庫 || 在得到差異表現量基因和相關圖表(MA plot/ Heatmap)後,你能夠在DEG Result Table 點擊各基因Ensembel_ID的資訊,了解更多關於該基因轉錄、轉譯等資訊。 你滿心歡喜的把上述...
原創文章 引用請註明出處 #RNAseq #差異基因 #雲平台 #3小學堂 || 3分鐘速解RNAseq分析,本周介紹超高自由度Heatmap || 觀察基因表現量差異除了上篇 提到的MA plot和Volcano plot之外,大家最熟知的另一個圖就是 #Heatmap ! Heatmap 可以更直觀的觀察基因表現差異,但當拿到分析圖時,總會想,如果我.....
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